ZOOM Lite

Düşündiriş

ZOOM Lite indiki nesil yzygiderli maglumatlary kartalaşdyrmak we wizuallaşdyrmak programma üpjünçiligi. Ulanyjylar giriş salgylanma genomlaryny we Illumina/Solexa gysga okalýan faýllary ýa-da AB SOLiD reňk giňişligi * .fasta, * .fastq, * _seq.txt, * .csfasta we ş.m. ýaly dürli formatdaky faýllary okaýarlar. ZOOM bu gysga kartalaşdyryş netijelerini çykarýar. salgylanma yzygiderliliginde okaýar. ZOOM Lite täze döredilen köp aralyk tohum teoriýasyna esaslanýan çalt we takyk kartalaşdyryş ýadrosyna eýe. 15bp-den 240bp-a çenli dürli uzynlykdaky bir uçly we jübütli okalmagy mümkin. Islendik sany gabat gelmezlik we salgylanma yzygiderliliginde okalýan we maksatly sebitiň arasynda dürli uzynlyklary bir goýmak/pozmak rugsat edilýär. Üýtgeşik kartalaşdyrylan netijeler ýa-da her okalýan iň oňat (ýokarky N) netijeler, iň az gabat gelmeýän we indel uzynlygyna görä habar berler. Kartanyň takyklygyny ýokarlandyrmak üçin hil ballary ulanylýar. Kartalaşdyryş ýadrosyna esaslanyp, ZOOM Lite ulanyjylara ýerli okalýan maglumatlary we salgylanma yzygiderliligini ýüklemäge, degişli parametrleri saýlamaga, dört protsessoryň arasynda paralel ýokary göwrümli maglumatlary gaýtadan işlemäge, işleýän meselelere gözegçilik etmäge, kartalaşdyryş netijelerini saklamaga, grafikleri görmäge mümkinçilik berýär. UCSC brauzer yzarlaýyş maglumatlary bilen has giňişleýin gözleg üçin * .BED ýa-da * .GFF faýl formatlaryny kartalaşdyrmak netijeleri we çykyş kartalaşdyrmak netijeleri. Kartalaşdyryş netijelerini, okalýan çuňlugyň grafiginden başlap, tutuş hromosomanyň üstünden okalýan we salgylanma yzygiderliliginiň arasyndaky jikme-jik yzygiderlilige çenli islenip bilner. Ulanyjylar diňe basmak, süýräp ýa-da aýlamak arkaly gyzyklanýan sebitlere aňsatlyk bilen geçýärler. ZOOM Lite, ZOOM Studio programma üpjünçiliginiň önümidir.